Сильно ли будут отличаться механические кпп 4-х и 5-и ступенчатые помимо 5-й передачи.

Надо сравнивать передаточные числа. Скорее всего при движении по трассе придётся сильнее раскручивать мотор, на 10-15% возрастёт расход.
Но у тебя машина и так не молодая, и, на фоне остальных ремонтов расходы на бензин не существенные. Так что ставь 4-ступку, а потом расскажешь. Тратить деньги на контрактную 5-ст КПП, имхо, нет смысла… Лучше разницу положить в конверт под названием «на новый авто».